2000-luvulle tultaessa JNV:stä oli kasvanut suurseura ja etenkin kilpailu- ja valmennustoiminta kehittyi hyvää vauhtia. Tähän vaikutti suuresti kilpa- ja huippu-urheilun näkyvyyden kasvu uudessa liitossa 2000-luvun alussa. Vuonna 2004 Suomen Voimistelu- ja Liikuntaseurat (SVoLi) ja Suomen Voimisteluliitto (SVL) yhdistyivät, jolloin joukkuevoimistelu, kilpa-aerobic ja rytminen voimistelu toimivat nyt samassa liitossa naisten ja miesten telinevoimistelun, trampoliinivoimistelun ja akrobatiavoimistelun kanssa. Myös kansainvälinen toiminta lisääntyi yhteisen Suomen Voimisteluliiton syntymisen myötä.
2000-luvun alussa JNV:ssä vakinaistui kahden lajin, kilpa-aerobicin ja joukkuevoimistelun kilpailu- ja valmennustoiminta. Joukkuevoimistelu oli ollut seurassa ”päälajina” jo pitkään, mutta 90-luvun lopulla menestyksekäs aerobic-trio toi myös kilpa-aerobicin seuraan, jonka valmennusta lähdettiin pian kehittämään. Vähäisistä harrastajamääristä huolimatta JNV:n menestys aerobicissa oli 2000-luvun alkupuolella huimaa, kun Sini Niskasen, Riikka Partasen ja Liina Nurmen trio menestyi vuosittain SM-kilpailuissa mitaleille asti. Ryhmä voitti SM-kultaa vuosina 2003 ja 2004, sekä edusti Suomea EM- ja MM-kilpailuissa vuosina 2000, 2003 ja 2004. Viimeisenä vuonnaan trio saavutti MM-kilpailuista neljännen sijan. Samana vuonna, 2004, moninkertainen aerobicin maailmanmestari Tiia Piili edusti myös JNV:tä, jolloin hän voitti SM-, EM- ja MM-kultaa. Vuonna 2002 JNV:hen perustettiin uudet kilpa-aerobicin startti- ja jatkoryhmät, jolloin aerobicin harrastustoiminta alkoi seurassa kasvamaan.
Joukkuevoimistelussa SM-kilpailumenestystä alettiin saada myös 2000-luvun vaihteessa. Uusia valmennusryhmiä perustettiin melkein vuosittain ja vanhempien voimistelijoiden sarjoissa noustiin mitalikantaan alueellisissa ja kansallisissa kilpailuissa. Kaksut aloittivat SM-mitaleiden ”keräyksen” ’99 vuonna 14–16-vuotiaiden sarjan välineohjelman pronssimitalilla. Siitä alkaen joukkue on saavuttanut SM-mitalin kaiken kaikkiaan viisi kertaa: 16–18-vuotiaiden sarjassa nauhaohjelmalla pronssia (2000), vapaaohjelmalla kultaa (2001) ja toisella nauhaohjelmalla pronssia (2001). Vuonna 2003 joukkue saavutti SM-pronssia naisten sarjassa päästen edustamaan Suomea MM-kilpailuihin Graziin. Joukkuevoimistelussa MM-kilpailuja oltiin alettu järjestää vuodesta 2000 alkaen, jolloin jyväskyläläinen Campuksen Koonnon joukkue voitti mestaruuden. Kaksujen valmentajana toimi tässä joukkueessa voimistellut Anu Mattila.
Joukkuevoimistelu kehittyi lajina nopeita harppauksia 2000-luvulla, ja kansainvälinen toiminta vauhditti sitä myös kotimaassa. Suomi on ollut huippumaa lajissa aina alusta alkaen ja hallitsi kansainvälisiä kilpailuja voittaen aikuisten 8 maailmanmestaruutta vuosina 2000–2010 ollen näiden lisäksi viidesti mitalikorokkeella. Kansainväliseen kilpailu-, koulutus- ja tuomaritoimintaan lähti 2000-luvun alusta vahvasti mukaan myös JNV:n valmentaja Tarja Rasimus-Järvinen, tuomaroiden MM-kilpailuissa ja kouluttaen valmentajia sekä tuomareita ympäri maailmaa.
JNV:n tämänhetkinen edustusjoukkue Sirius perustettiin vuonna 2003, kun ’99 voimistelu-uransa aloittanut joukkue Tähtöset vaihtoi nimensä. Syksystä 2006 alkaen Sirius on ollut JNV:n vanhin joukkue ja vuodesta 2010 se on kulkenut edustusjoukkueen tittelillä. Joukkue voitti yli 16-vuotiaiden sarjassa SM-kultaa keilaohjelmallaan syksyllä 2009, mikä oli JNV:n ensimmäinen naisten sarjan kultamitali joukkuevoimistelussa. Myös nuorempien sarjoissa tuli menestystä, kun keväällä 2008 Kidea saavutti 12–14-vuotiaiden sarjassa tyttömestaruushopeaa vapaaohjelmallaan ja saman vuoden syksyllä tyttömestaruuskultaa vanteella.
2000-luvun puolessa välissä seuraan alettiin perustamaan myös eri sarjatason joukkueita. Kipinä oli JNV:n ensimmäinen harrastesarjan joukkue, ja vähitellen myös tälle sarjatasolle alkoi tulla kysyntää jonka tätä myötä joukkueita perustettiin enemmän. JNV:n pitkäaikaisin ja vanhin, jo vuonna 1999 perustettu Vaniljat-joukkue kilpaili aina kevääseen 2006 saakka SM-sarjassa, kunnes siirtyi seuraavana vuonna harrastesarjaan niittämään menestystä ja saavuttikin useita harrastesarjan mestaruusmitaleita sekä voittaen mestaruuskultaa syksyllä 2009 nauhaohjelmallaan.
Seuran harrastetoiminnassa elinkaariajattelu säilyi myös 90-luvun jälkeen ja voimisteluliikuntaa on tarjottu sekä miehille että naisille vauvasta vaariin saakka. Lasten ja nuorten harrasteliikunnan tuntimäärät 2000-luvulla hieman laskivat, sillä rinnalla kasvanut kilpailu- ja valmennustoiminta oli vienyt osan harrastajista enemmän kilpaurheilun puolelle. Ikääntyville viikkotunteja on kuitenkin järjestetty pitkin vuosikymmentä erilaisilla nimikkeillä, tutuimpana Ikivireät-jumppana. Aikuisliikunnan toiminta on mukaillut oman aikansa trendejä ja 90-luvulla jyrännyt aerobic sai 2000-luvulla rinnalleen pehmeämpää kehonhuoltoon painottuvia tunteja. Vuonna 2000 JNV:llä oli 28 aikuisliikunnan harrastetuntia, mutta ryhmäliikuntatuntien suosio hiipui hiljalleen ja syksyllä 2006 viikkotunteja oli seuralla vain 12. Vuonna 2008 JNV palkkasi aikuisliikunnan kehittäjän ja pian toiminta alkoi jälleen kasvamaan myös sillä sektorilla. Voimisteluliiton harrasteliikunnan tuotteiden käyttö lisääntyi 2000-luvun aikana, sillä ne olivat yleisesti tunnettuja konsepteja ja vaativat vähemmän markkinointia.
Kilpaurheilun ja harrastetoiminnan lisäksi seurassa pystyi harrastamaan 90-luvulta alkaen tanssillista voimistelua, joskin tämä nimitys yleistyi vasta 2000-luvulla. Seuran ensimmäinen tanssillisen voimistelun ryhmä Kumina voitti useita kunniamainintoja Musiikista Liikkumaan –tapahtumissa ja tätä Sari Haapasalon vetämää nuorten ryhmää pyydettiin usein esiintymään erilaisiin voimistelutapahtumiin. Vaikka laji oli ollut JNV:n valikoimassa jo pitkään, ei 2000-luvulla sillä ollut kovin vielä paljon harrastajia. Vuonna 2005 seuraan perustettiin yli 60-vuotiaiden tanvo-ryhmä Leidit ja hieman myöhemmin aikuisten ryhmä Ajattaret, jotka kummatkin ovat edelleen mukana toiminnassa. Leidien naiset olivat voimistelleet JNV:n esiintyvissä ryhmissä kuitenkin jo 90-luvulta alkaen.
Seuran kehittämiseen on panostettu 2000-luvulta alkaen paljon, ja JNV on osallistunut liiton erilaisiin projekteihin kehittäen seuraa monipuolisesti hallituksen johdolla. Laadusta ja kehityksestä kertoo myös erilaiset Voimisteluliiton myöntämät sertifikaatit, ja JNV:lle annettiin vuonna 2007 aikuisliikunnan laatutunnus, Priima. Puheenjohtajina 2000-luvulla ovat toimineet Tarja Rasimus-Järvinen (1997–2006) ja Anu Myllyharju-Puikkonen (2007–2012).
Tapahtumat pysyivät edelleen seuran toiminnan kohokohtina. JNV alkoi järjestämään omia tapahtumia entistä useammin; jokavuotiset kevät- ja joulunäytökset ottivat paikkansa 2000-luvulla ja tunnettuja satujoulunäytöksiä alettiin pitämään joulukuusta 2009 alkaen. 80-luvulta alkaen järjestetty Naisten Askel –tapahtuma pidettiin viimeisen kerran 2006 keväällä. JNV alkoi 2000-luvulla järjestää myös paljon kilpailutapahtumia, ja useana vuotena voimistelun harrastajat ovat kokoontuneet Jyväskylään esimerkiksi Musiikista Liikkumaan –tapahtumaan, lukuisiin kilpa-aerobicin ja joukkuevoimistelun alueellisiin kilpailutapahtumiin sekä joukkuevoimistelun SM-kilpailuihin. Vuodesta 2000 alkaen JNV on järjestänyt alle 12-vuotiaiden lasten voimistelutapahtuman Hopeaharppauksen vuosittain.
Myös suurtapahtumiin osallistuttiin aikaisempien vuosikymmenien tapaan myös 2000-luvulla. Gymnaestradoihin Lissaboniin (2003) ja Dornbirniin (2007) lähti jälleen suuri joukko JNV-läisiä esiintymään ja nauttimaan kansainvälisen suurtapahtuman menosta. Yhteiset tapahtumat ovat vahvistaneet jäsenten yhteenkuuluvuutta ja seuratoimintaa. Myös JNV:n juhlavuodet, 85-vuotisjuhla vuonna 2002 ja 90-vuotisjuhla vuonna 2007 ovat vaatineet panostusta mutta lisänneet seurahenkeä edelleen.
