Jos 1980-luku oli sen ajan mittapuulla muutosten aikaa, 90-luku oli sitä vieläkin enemmän. Oikeastaan vuosituhannen lopusta lähtien on kehitystä tapahtunut huimalla tahdilla niin seura- ja lajitasolla sekä suomalaisen liikuntakulttuurin tasolla. Suuria rakennemuutoksia tapahtui 90-luvun alussa urheilun ja voimistelun lajiliittojen osalta, kun mm. uusi voimistelun suurliitto Suomen Voimistelu- ja Liikuntaseurat SvoLi ry perustettuun vuonna 1994.
90-luvulla JNV kasvoi suurseuraksi ja oli jopa kolminkertaistanut jäsenmääränsä seitsemässä vuodessa (1990–1997). Ensimmäisen kerran yli tuhannen jäsenen raja ylitettiin vuonna 1992 ja vuonna 1996 JNV-läisiä oli jo yli kahden tuhannen verran. Vuosikymmenen alussa alle 15-vuotiaita jäseniä oli yli puolet, mutta aikuisjäsenten määrä kasvoi vuosi vuodelta vieden pian jo suuremman osuuden jäsenistöstä.
Seuran kasvaessa ja toiminnan laajentuessa työnjakoon kiinnitettiin entistä enemmän huomiota. Hallitus (ent. johtokunta) ei pystynyt käsittelemään kaikkia asioita, joten perustettiin projektiluontoisia työryhmiä hoitamaan mm. kevätnäytöstä, pikkujouluja, Suurkisoja ja Naisten Askelta, joiden vastuuhenkilöinä toimivat hallituksen jäsenet. Myöhemmin tarvittiin koko vuoden ajan ja pidemmällä tähtäimellä toimivia ryhmiä, joten seuraan perustettiin eri valiokuntia, kuten työ- ja talousvaliokunta, koulutusvaliokunta, kilpailu-, näytös-, ja valmennusvaliokunta sekä harraste- ja nuorisovaliokunta. Pian myös ohjaajia saatiin mukaan näihin valiokuntiin ja rivijäseniä mukaan talkoohommiin, mutta toiminnan laajenemisen myötä organisaation toimivuus vaati jatkuvaa kehittämistä. Vuonna 1997 seuraorganisaatio mukaili jo pitkälti SvoLin organisaatiota, jossa toimialat oli jaettu lasten ja nuorten, aikuisten sekä kilpailun ja valmennuksen toimialoihin. Puheenjohtajina 90-luvulla JNV:ssä ovat toimineet Kirsti Partanen (1990–1995), Nina Peränen (1996) sekä Tarja Rasimus-Järvinen (1997–2006).
JNV sai ensimmäisen toimistonsa vuonna 1990 jonne hankittiin puhelin, puhelinvastaaja sekä monistuskone. Pikkuhiljaa varustetasoa lisättiin myös erilaisilla voimisteluvälineillä, videokameralla, monitorilla ja kasettisoittimilla. Vuonna 1994 toimiston muuttaessa Väinönkadulle, seuralle hankittiin myös tietokone sekä telefax-laite. Samana syksynä JNV:lle palkattiin ensimmäiseksi toiminnanjohtajaksi Tuija Ukskoski-Ahonen, mikä selkeytti toimintaa ja helpotti asioiden hoitoa tunnettuuden ja saavutettavuuden myös kasvaessa.
JNV sai paljon seuratunnustuksia 90-luvun alussa. Vuosina ’92 ja ’92 SVUL:n Keski-Suomen piiri nimesi JNV:n piirin harrasteliikuntaseuraksi. Vuonna 1993 JNV sai kaksi merkittävää valtakunnallista tunnustusta: Nuori-Suomi ry:n Sinettiseura-arvon esimerkillisestä lasten ja nuorten toiminnasta sekä SNLL:n markkinointiseuran arvon.
90-luvulla harrasteliikuntaa tuotteistettiin kovasti ja jumpissa sekä aerobicissa tarjottiin myös tasoryhmiä. Tuntien monipuolistaminen toi paljon uusia jäseniä ja miehillekin pidettiin tehotreenejä. Kuokkalan Graniitti valmistui syksyllä 1993, jossa pystyttiin pitämään myös suosittuja viikonlopputunteja. Harrastepuolen toiminta laajeni vuonna 1994 kolmeen kauteen, kun jäsenille tarjottiin ensimmäisen kerran kesäjumppia. Myös lasten ja nuorten toimintaan panostettiin, ja vuonna 1995 uutuutena saatiin äiti–vauva -ryhmät. Ikääntyneillekin tarjottiin liiton SenioRiitta-jumppia. Ohjattuja tunteja oli vuonna 1997 jo 125 viikossa.
Vuosikymmenen vaihteessa huippu-urheilu oli liitossa (SNLL) painopistealueena ja JNV:ssä etenkin valmennustoiminnan kehittäminen joukkuevoimistelussa. 90-luvun alussa kilpailumenestystä saavutettiin useista kilpailuista, mm. JNV:n naisten joukkue SNLL:n mestaruuskilpailuissa saavutti kultaa Eeva Mikkosen ja Tarja Rasimus-Järvisen ohjelmalla “Tunturin kämmenellä”. Vuonna 1991 järjestettiin ensimmäiset joukkuevoimistelun SM-kilpailut, joissa mukana olivat SNLL:n, TUL:n ja FSG:n parhaimmisto. JNV:n naisten joukkue sijoittui tällöin yhdeksänneksi, tippuen niukasti ulos loppukilpailusta. Toiset SM-kilpailut järjestettiin ’92 Jyväskylässä, ja naisten joukkue saavutti edelleen Eevan ja Tarjan “Kosken pärskeet” -ohjelmallaan loppukilpailussa kuudennen sijan. Vuonna 1993 SNLL:n Keski-Suomen piirin kilpailuissa JNV:n kaikki neljä joukkuetta saavuttivat omien sarjojensa kultaa. Musiikit monien JNV:n joukkueiden ohjelmiin oli tehnyt Aki Järvinen, joka myös valmensi Tarjan kanssa naisten joukkuetta vuosina 1992–1993. SM-kilpailuissa ’93 Tarjan “Menneisyyden varjot” -koreografialla naisten joukkue saavutti hienosti hopeasijan, joka oli arvokas ja merkityksellinen saavutus JNV:n valmennustoiminnan kehittymiselle.
Valmennustoiminta alkoikin muuttua aikaisempaa ammattimaisemmaksi ja pitkäjänteisemmäksi. Valmennusryhmiin karsittiin ja joukkueet alkoivat treenata myös peruskuntokaudella ja järjestivät omia leirejään. Vuonna 1995 JNV sai kunnian järjestää uuden liiton SvoLin ensimmäiset aluemestaruuskilpailut. Kilpailujen 12–14-vuotiaiden kulta, 14–16-vuotiaiden hopeaja naisten sarjan hopea olivat ensimmäiset JNV:n saavuttamat mitalisijat uuden liiton kilpailuissa. Samana vuonna uuden SvoLin juniorimestaruuskilpailuissa JNV:n 12–14-vuotiaiden joukkue saavutti hopeasijan Marjukka Kaidesojan valmennuksessa. Samainen joukkue sai ensimmäisissä välinekilpailuissa vanneohjelmallaan kultaa samana vuonna. Vuonna 1996 JNV:llä oli jo seitsemän kilpailevaa joukkuetta.
90-luvulla JNV:ssä pystyi harrastamaan myös rytmistä voimistelua, jossa saavutettiin aluemestaruuksia ja osallistuttiin ahkerasti cup-kilpailuihin Laura Härkösen johdolla. Rytmisen voimistelun valmennustoiminnasta kuitenkin luovuttiin, mutta monet voimistelijat sekä valmentaja-Laura siirtyivät joukkuevoimistelun puolelle.
Aerobic kilpaurheilulajina rantautui JNV:hen 90-luvun puolivälissä. Vuonna 1996 JNV järjesti Sydän-Suomen avoimet aluemestaruuskilpailut, jossa kilpailivat Suomen huiput, mutta JNV:llä ei itsellään ollut osallistujia. Vuoden ’97 EM-karsintakilpaluissa mukana JNV:stä olivat kisaamassa Sini Niskanen ja Liina Nurmi. Seuraavana vuonna menestystä alkoi kertyä aerobic-trion myötä, johon kuului Sinin ja Liinan lisäksi Riikka Partanen. Ryhmä sijoittui heti ensimmäisissä SM-kilpailuissaan ’98 pronssille, vaikka yhdessä oltiin harjoiteltu vain muutama kuukausi. Pronssisija uusittiin vuoden ’99 SM-kilpailuissa ja tämän jälkeen trio alkoi panostaa harjoitteluun vielä enemmän, mikä näkyikin 2000-luvun alun upeissa tuloksissa. Trio suunnitteli itse koreografiansa ja harjoitteli keskenään, mutta naisten fysiikkavalmentajana toimi Aki Järvinen.
80-luvulta tuttuun tapaan JNV-läisiä matkusti esiintymässä ympäri Suomea sekä maailmaa erilaisissa tapahtumissa. Gymnaestradoihin (Amsterdam 1991, Berliini 1995 ja Göteborg 1999) lähti mukaan entistä enemmän seuran jäseniä ja nuorempia voimistelijoita. Vuonna 1993 SNLL valitsi jälleen JNV:n edustamaan liittoa, tällä kertaa Melbourneen IAPESGW:n maailmankongressiin.
90-luvulla JNV oli mukana monien tapahtumien järjestämisessä Jyväskylässä ja vuonna 1996 Naisten Askel sai alkunsa. “Jumpassa on jujua” vakiintui hyväksi iskulauseeksi moneen tilanteeseen ja nykyäänkin jäsenlehtenä toimiva Kuperkeikka sai nimensä ’94 käydyn nimikilpailun myötä.
