Edellisellä vuosikymmenellä kovin laajentunut voimistelutoiminta lamaantui toisen maailmansodan myötä Euroopan lisäksi Suomessakin. Myös Jyväskylässä sota katkaisi voimisteluharjoitukset, sillä muun muassa voimistelusaleja tarvittiin maanpuolustustehtäviin. JNV:n voimistelijat pyrkivät kuitenkin sotavuosien aikana kokoontumaan harjoituksiin yhtenä tai kahtena iltana viikossa.
Sodan aikana JNV:ssä kauan haaveiltu tyttöosasto sai alkunsa. Tytöt harjoittelivat kerran viikossa Rauha Kukkulan johdolla. Varttuneemmat naisvoimistelijat toimivat sotavuosina lottina tai muissa tehtävissä isänmaan hyväksi. Sotasairaaloissa tehtyjä esiintymisiä varten ehdittiin kuitenkin harjoitella.
Sotien jälkeen seuratoiminnan rakenteet etsivät uutta muotoaan. Uusia tuulia tuli myös liiton rintamalta, sillä lähes 50 vuotta itsenäisenä toiminut Suomen Naisten Liikuntakasvatusliitto (SNLL), johon naisvoimistelijat kuuluivat, yhdistyi Suomen Voimistelu- ja Urheiluliittoon (SVUL) joulukuun lopussa vuonna 1947. SNLL sai kuitenkin jatkaa itsenäisenä pitäen oman toimistonsa ja henkilökuntansa, mutta noudatti toiminnassaan SVUL:n sääntöjä. Myös piirijakoon siirryttiin 1947, piiritoiminnan alkaen kunnolla kuitenkin vasta vuoden 1948 puolella.
Sodan jälkeisen voimistelutoiminnan vakiinnuttamisessa auttoi myös vuoden 1947 suurkisat, jolloin voimistelu sai hyvää mainosta ja lisää harrastajia. Innostus näkyi seuran toimihenkilöiden kouluttamisessa sekä voimistelukursseille osallistumisessa. Myöskin harjoitusosastoja oli jo viisi: yläosasto, harjoitus- eli jumppaosasto, rouva-osasto, nuoriso-osasto sekä lapsi- ja tyttöosasto.
40-luvun lopulla tehtiin myös ratkaiseva päätös kilpailutoiminnan aloittamisesta pitkien pohdintojen jälkeen. Ennen periaatteena oli ollut vain pelkkä liikunnan harrastaminen, mutta nyt kilpailutoiminta aloitettiin joukkuevoimistelussa.